Index _ | A | C | D | E | H | I | J | L | M | N | P | R | S | T | U | W _ __iter__() (lightmotif.Loader method) (lightmotif.Scanner method) __next__() (lightmotif.Loader method) (lightmotif.Scanner method) A accession (lightmotif.TransfacMotif attribute) argmax() (lightmotif.StripedScores method) C calculate() (lightmotif.ScoringMatrix method) copy() (lightmotif.EncodedSequence method) (lightmotif.StripedSequence method) CountMatrix (class in lightmotif) counts (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.Motif attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) (lightmotif.UniprobeMotif attribute) create() (in module lightmotif) D description (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) E EncodedSequence (class in lightmotif) H Hit (class in lightmotif) I id (lightmotif.TransfacMotif attribute) J JasparMotif (class in lightmotif) L lightmotif module load() (in module lightmotif) Loader (class in lightmotif) log_odds() (lightmotif.WeightMatrix method) M max() (lightmotif.StripedScores method) module lightmotif Motif (class in lightmotif) N name (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.Motif attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) (lightmotif.UniprobeMotif attribute) normalize() (lightmotif.CountMatrix method) P position (lightmotif.Hit attribute) protein (lightmotif.CountMatrix attribute) (lightmotif.EncodedSequence attribute) (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.Motif attribute) (lightmotif.ScoringMatrix attribute) (lightmotif.StripedSequence attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) (lightmotif.UniprobeMotif attribute) (lightmotif.WeightMatrix attribute) pssm (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.Motif attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) (lightmotif.UniprobeMotif attribute) pvalue() (lightmotif.ScoringMatrix method) pwm (lightmotif.JasparMotif attribute) (lightmotif.Motif attribute) (lightmotif.TransfacMotif attribute) (lightmotif.UniprobeMotif attribute) R reverse_complement() (lightmotif.ScoringMatrix method) S scan() (in module lightmotif) Scanner (class in lightmotif) score (lightmotif.Hit attribute) score() (lightmotif.ScoringMatrix method) ScoringMatrix (class in lightmotif) stripe() (in module lightmotif) (lightmotif.EncodedSequence method) StripedScores (class in lightmotif) StripedSequence (class in lightmotif) T threshold() (lightmotif.StripedScores method) TransfacMotif (class in lightmotif) U UniprobeMotif (class in lightmotif) W WeightMatrix (class in lightmotif)
